La partie inférieure de la pizza, appelée « croûte », peut varier considérablement selon le style : fine, comme dans une pizza napolitaine traditionnelle, ou épaisse, comme dans une pizza à pâte épaisse de Chicago. Traditionnellement nature, elle peut aussi être assaisonnée d'ail, d'herbes ou garnie de fromage. Le bord extérieur de la pizza est parfois appelé corniche. Certaines pâtes à pizza contiennent du sucre, ce qui favorise la levée de la levure et le brunissement de la croûte. La sauce spécialement conçue pour la pizza a été inventée par la chaîne américaine Papa John's Pizza en 1984 et a depuis été adoptée par certains, notamment la croûte.
Au restaurant, la pizza peut être cuite dans un four à briques réfractaires sur une source de chaleur, un four électrique à sole, un four à tapis roulant ou, plus traditionnellement, dans un four à briques à bois ou à charbon. La pizza est placée au four sur une longue grille, appelée pelle, et cuite directement sur les briques chaudes, une grille (un grillage métallique rond, généralement en aluminium), ou toute autre surface du four. Avant utilisation, la pelle est généralement saupoudrée de semoule de maïs pour permettre à la pizza de glisser dessus et de se démouler facilement. Pour la préparation de pizzas maison, on peut la cuire sur une pierre à pizza dans un four traditionnel afin de reproduire en partie l'effet chauffant d'un four à briques. La cuisson directe sur une surface métallique permet un transfert de chaleur très rapide vers la croûte et la saisit. Certains cuisiniers amateurs utilisent un four à pizza à bois, généralement installé à l'extérieur.
Comme dans les restaurants, ces fours sont souvent en forme de dôme, comme le sont les fours à pizza depuis des siècles, afin d'assurer une répartition uniforme de la chaleur. Une autre forme de cuisson est la pizza grillée, cuite directement sur le gril du barbecue. Les pizzas grecques, comme les pizzas Chicago et siciliennes, sont cuites dans une poêle plutôt que directement sur les plaques d'un four à pizza. La plupart des restaurants utilisent des tables de préparation standard spécialement conçues pour assembler leurs pizzas. La production de masse de pizzas en chaîne peut être entièrement automatisée.
